在《水浒传》中，征方腊的故事主要情节如下：
出征背景
宋江等梁山好汉接受招安后，为了向朝廷表忠心、证明自身价值，同时也为了避免被朝廷分散瓦解，宋江在得知方腊造反后，主动向宿太尉请求率领梁山军马前去征讨.
五州之战
宋江军首先攻打润州、宣州、湖州、常州、苏州这五州。在此战中，宋万、焦挺、陶宗旺等11位好汉相继阵亡，东厅枢密使吕师囊被徐宁斩杀，方腊的三弟三大王方貌死于武松戒刀之下.
杭州之战
杭州是南国的屏障，方腊军在此地设有太子行宫，主帅是方天定，手下有邓元觉、石宝、厉天闰、司行方四大元帅。梁山好汉郝思文、徐宁、张顺等14人先后阵亡，其中徐宁中了敌军毒箭不治身亡，张顺摸上涌金门时被敌发现，遭无数枪箭攒死水中，董平则被张韬背后拦腰剁做两段.
乌龙岭之战
乌龙岭地势险要，是方腊青溪大内帮源洞的最后一道屏障，邓元觉、石宝等在此坚守。此役中，阮小二、孟康、解珍等12名梁山头领阵亡.
歙州之战
歙州守御为皇叔大王方垕、兵部尚书王寅。这一战，史进、石秀、陈达等13名梁山头领先后阵亡，方垕被卢俊义斩杀，王寅被孙立、黄信等五将合力杀死.
清溪城之战
清溪城是方腊的老巢，方腊御驾亲征，其侄方杰为正先锋，杜微为副先锋。在此战事中，秦明、阮小五、郁保四等9名梁山头领阵亡，最终方杰被关胜、花荣等众将围猎斩杀，方腊被擒，至此方腊势力被彻底剿灭.
这场战争规模大、烈度高、伤亡多，梁山108将中有59人阵亡，最终活下来的好汉们也各自走上了不同的人生道路，梁山聚义群体由此分崩离析.